2005年初春節(jié)包機(jī)事宜磋商開創(chuàng)了兩岸另一交流管道，即通過相關(guān)業(yè)者組織以民間形式在第三地進(jìn)行磋商，而雙方相關(guān)主管官員以適當(dāng)?shù)纳矸輩⑴c，島內(nèi)外一些人士將其稱為“澳門模式”。在此后數(shù)年兩岸政治關(guān)系日益緊張的情況下，為兩岸解決具體事務(wù)提供了一條可行之道。2006年初，依照同樣磋商方式，兩岸同意將春節(jié)包機(jī)搭乘對(duì)象由臺(tái)商及家屬擴(kuò)大至所有持合法、有效證件往返兩岸的臺(tái)灣居民，大陸航點(diǎn)新增廈門。
2006年6月，大陸的海峽兩岸航空運(yùn)輸交流委員會(huì)與臺(tái)北市航空運(yùn)輸商業(yè)同業(yè)公會(huì)再次通過協(xié)商，就兩岸客運(yùn)包機(jī)節(jié)日化和開辦兩岸專案包機(jī)達(dá)成共識(shí)，自當(dāng)月14日起實(shí)施兩岸包機(jī)節(jié)日化，春節(jié)包機(jī)擴(kuò)大到了春節(jié)外的清明、端午、中秋等三個(gè)最重要的民族傳統(tǒng)節(jié)日。在上述四個(gè)節(jié)日期間，雙方各執(zhí)行84個(gè)往返班次，共計(jì)168班。此外，雙方還同意開辦緊急醫(yī)療救援包機(jī)、殘疾人等急難救助包機(jī)，并針對(duì)臺(tái)商開辦專案貨運(yùn)包機(jī)。
至此兩岸包機(jī)已經(jīng)從簡(jiǎn)單的臺(tái)商春節(jié)包機(jī)發(fā)展到了包機(jī)節(jié)日化，雖然乘客仍限以臺(tái)灣居民，但兩岸空中飛航的主要技術(shù)問題就此得以解決，為以后的迅速進(jìn)展打下了基礎(chǔ)。
2008年3月，國(guó)民黨候選人馬英九當(dāng)選臺(tái)灣地區(qū)領(lǐng)導(dǎo)人。當(dāng)年4月，借由海南博鰲論壇，大陸領(lǐng)導(dǎo)人胡錦濤與馬英九的副手蕭萬長(zhǎng)得以見面，取得了一定的共識(shí)；5月，馬英九正式接管權(quán)力，此后兩岸形勢(shì)迅速出現(xiàn)了積極變化，兩岸兩會(huì)協(xié)商迅速恢復(fù)。
6月13日，大陸海峽兩岸關(guān)系協(xié)會(huì)會(huì)長(zhǎng)陳云林與臺(tái)灣海峽交流基金會(huì)董事長(zhǎng)江丙坤在北京正式簽署《海峽兩岸包機(jī)會(huì)談紀(jì)要》，商定建立兩岸周末包機(jī)制度，時(shí)段為每周五至下周一共計(jì)四個(gè)全天。大陸先行開放北京、上海（浦東）、廣州、廈門、南京等5個(gè)航點(diǎn)，臺(tái)灣方面則開放桃園、高雄小港、臺(tái)中清泉崗、臺(tái)北松山、澎湖馬公、花蓮、金門、臺(tái)東等8個(gè)航點(diǎn)。每周各飛18個(gè)往返班次，共36個(gè)往返班次。其中每周臺(tái)灣方面至上海（浦東）的班次不超過9個(gè)往返班次；大陸方面至臺(tái)中清泉崗的班次不超過6個(gè)往返班次。
7月4日兩岸周末包機(jī)正式上路，乘客也從僅限于臺(tái)灣居民放寬為兩岸“持有效旅行證件往返兩岸的旅客”，配合同時(shí)開放的大陸民眾赴臺(tái)旅游，包機(jī)成了為兩岸民眾來往服務(wù)的工具。
10月20日后大陸又陸續(xù)開放成都、重慶、杭州、大連、桂林、深圳等6個(gè)航點(diǎn)，臺(tái)灣方面則開通了桃園、高雄小港、臺(tái)中清泉崗、臺(tái)北松山、澎湖馬公、花蓮、金門和臺(tái)東等8個(gè)航點(diǎn)。
由直航起步，定期航班將是真正的突破
2008年11月，大陸海協(xié)會(huì)會(huì)長(zhǎng)陳云林與臺(tái)灣基會(huì)董事長(zhǎng)江丙坤在臺(tái)北再次會(huì)晤，4日正式簽署了《海峽兩岸空運(yùn)協(xié)議》，同意建立臺(tái)灣海峽北線直達(dá)航路，實(shí)現(xiàn)兩岸直航，其中客運(yùn)方面，臺(tái)灣方面設(shè)定為桃園、高雄小港、臺(tái)中清泉崗、臺(tái)北松山、澎湖馬公、花蓮、金門、臺(tái)東等8個(gè)航點(diǎn)。大陸方面則增加開放成都、重慶、杭州、大連、桂林、深圳、武漢、福州、青島、長(zhǎng)沙、?？?、昆明、西安、沈陽(yáng)、天津、鄭州等16個(gè)航點(diǎn)。雙方每周共飛不超過108個(gè)往返班次，每方各飛不超過54個(gè)往返班次。其中臺(tái)灣方面至上海（浦東）的班次不超過20個(gè)往返班次。貨運(yùn)包機(jī)方面，臺(tái)灣方面開放桃園、高雄小港，大陸方面同意開放上海（浦東）、廣州作為貨運(yùn)包機(jī)航點(diǎn)。班次也確定為每月共飛60個(gè)往返班次，每方30個(gè)往返班次。其中，上海(浦東)、廣州兩個(gè)航點(diǎn)每月每航點(diǎn)雙方各飛15個(gè)往返班次。在每年10月至11月間的貨運(yùn)旺季，雙方可各自增加15個(gè)往返班次。
12月15日，兩岸直航正式開通。其中北京和上海至臺(tái)北的飛行距離較經(jīng)香港飛航情報(bào)區(qū)航線單程分別減少1100公里和1000公里左右，以空中客車330-200飛機(jī)為例，單程飛行約可減少1小時(shí)20分鐘的飛行時(shí)間，節(jié)省燃油8噸。
2009年4月，兩岸兩會(huì)在大陸南京舉行第三次“江陳會(huì)”，簽署了《海峽兩岸空運(yùn)補(bǔ)充協(xié)議》及附件，主要突破點(diǎn)有三項(xiàng)：一是在臺(tái)灣海峽北線航路的基礎(chǔ)上開通南線和第二條北線雙向直達(dá)航路；二是開通客貨運(yùn)定期航班，大陸方面新增合肥、哈爾濱、南昌、貴陽(yáng)、寧波、濟(jì)南等6個(gè)客運(yùn)航點(diǎn)，全部27個(gè)航點(diǎn)均可經(jīng)營(yíng)包機(jī)與客運(yùn)定期航班。臺(tái)灣方面則只開放桃園與高雄航點(diǎn)可經(jīng)營(yíng)客運(yùn)定期航班。至于貨運(yùn)方面，大陸方面同意上海（浦東）、廣州航點(diǎn)可經(jīng)營(yíng)貨運(yùn)定期航班，臺(tái)灣方面同意桃園、高雄航點(diǎn)可經(jīng)營(yíng)貨運(yùn)定期航班。同時(shí)也相互開放客運(yùn)定期航班腹艙載貨。三是增加客運(yùn)班次，客運(yùn)定期班機(jī)和包機(jī)班次總量從每周108個(gè)往返班次增加為每周270個(gè)往返班次。兩岸原定在7月開通定期航班，但由于技術(shù)性等方面的問題，推遲到了8月底。
兩岸空運(yùn)，如果從2003年算起的話，至今已走過6年多。即使去掉前期發(fā)展并不順利的時(shí)間，而以2005年為起點(diǎn)，也用了4年多，才要進(jìn)入第二階段、建立起定期航班、實(shí)現(xiàn)了真正意義上的正?；?xì)想起來并不令人滿意。但相對(duì)于50多年相互隔絕的時(shí)空來，這已經(jīng)算是夠快的了。這真是：一萬年太久，只爭(zhēng)朝夕！（中國(guó)社會(huì)科學(xué)院臺(tái)灣研究所經(jīng)濟(jì)研究室副研究員胡石青）
